Island førend det følgende Aar, 1358. Han leed Skibbrud ved Kysten, og Skibet selv ødelagdes med alt Godset; men alle Mennesker, der vare ombord, kom derfra med Livet, og han reed strax lige til sit Biskopssæde. Her forefandt han Presten Thorstein Hallssøn som Official eller midlertidig Bestyrer af Biskopsstolen. Biskop Orm havde ved sin Afreise til Norge 1354 udnævnt Abbed Arngrim af Thingeyre dertil, men Presterne i Hole Biskopsdømme negtede ham Lydighed paa Grund af de mange Klager, der førtes over ham, og paa et Prestestevne i 1356 afsatte de ham ej alene fra Officialatet og valgte Thorstein i hans Sted, men ogsaa fra Abbed-Verdigheden, og tvang ham til at love at ville give sig ind i Predikerklostret i Bergen. Da Biskop Jon kom til Hole, opgav Thorstein Hallssøn strax Officialatet og overleverede ham Embedsseglet uden at høre den øvrige Geistligheds Mening, og overhoved gave alle saavel Lærde som Læge sig under ham, uden at kræve nogen Legitimation af ham, da det almindelig heed sig, baade i Norge og paa Island, at han var lovligen beskikket til Biskop paa Hole. Han sang sin første Messe her Allehelgensdag (den 1ste November) og fik et riigt Offer. Men kort efter begyndte Nordlendingerne at ymte mellem sig om, at det dog nok ikke havde sig saa rigtigt med Biskop Jons Adkomst til sin nye Biskopsstol, siden ingen Beviisligheder fra Paven bleve fremlagte. Jon synes ogsaa at have manglet saadanne, hvad enten han nu havde tabt dem i Skibbrudet, eller de, han havde, ikke ansaaes for tilstrækkelige, skjønt det rigtignok synes besynderligt, at der overhoved kunde være Tvivl om Sagen, naar hine nysnævnte Visitatorer selv havde hørt hans Bekræftelse i Embedet kundgjøres i Christkirkens Chor. Den forrige Official, Thorstein Hallssøn, der nu formodentlig angrede sin tidligere Føjelighed, benyttede sig af Biskopens Forlegenhed til at bringe hele Presteskabet i Biskopsdømmets østlige Deel i Oprør; han reiste sig nemlig, siges der, i 1360 mod Biskop Jon og lod alle Prester mellem Øxnadalsheid og Reykjadal tilsige sig Lydighed. De kom til Hole Katharinamesseaften den 24de November, for at høre de Beviisligheder, Biskopen havde at fremføre, os som han havde sagt til Thorstein nu laa i hans Biskops-Archiv. Men alligevel kunde han ingen fremlægge, som det lader, og vilde derfor ikke engang tale med Presterne. Tre Gange gik Thorstein ind til ham og bad ham komme med Beviserne, og da dette ikke skete, erklærede Presterne, at de ikke kunde erkjende ham for Biskop i Hole, men alene for Biskop i Grønland, og valgte sig Thorstein Prest til Formand. Alt det Jordegods, der i det ovennævnte Strøg tilhørte Biskopsstolen, tog de igjen tinder sin Bestyrelse, saavelsom Madrevalle Kloster, og Bønderne i Eyjafjorden gjorde fælles Sag med dem. Derimod fandt Biskopen Medhold og Understøttelse hos den anseede Prest
