1650 giver han ham ligefrem Skylden derfor, hvorimod denne henviser ham til Protokollen og til de tilstedeværende Kanniker, som samstemmig erklære, at Mag. Oluf Boesen, Superintendenten, selv gjorde det af egen Magt og Myndighed. Mag. Trugels erklærer, at han vidste Intet om Sagen, før Bispen bragte den paa Bane, men mener dog, at „hvad den salig Mand Bispen derudi har gjort, det havde han vel for- svaret udi levende Live og endnu vel bliver forsvarligt efter hans Død, om paatales“. „Og“, fortsætter han, „uagtet Ordinansen byder Fredsommelighed og Lydighed, saa har Mag Niels den Tid, han har været her, været mere urolig end fredsommelig, mere opsætsig end lydig, hvilket noksom er at forstaa af hans trodsige Svar til Mag. Oluf Boesen paa Kapitel den 23de Februar 1642; thi da Mag. Oluf alvorlig formanede ham til at afholde sig fra fordægtige Personer udi Menigheden, som monne selle sig til ham udi hans Hus, deres Samkvem og Omgjængelse, paa det han ikke videre skulde udføres udi Byen og udenfor Byen, og selv give Aarsag til Mistanke, svarede han, at dersom Hans kongl. Maj. selv ham det forbyde vilde, saa vilde han dog alligevel med saadanne have sin Omgjængelse. Hvilke Ord om de en hørig Underdane vel sømmer og anstaar, kan hver eragte. Dette endog hans Gjerning noksom udviser udi det, at han Tid efter anden endel mine Sognefolk baade forberørte (Lorentz Evertsen o. s. v.) og flere til sig fordægtigen sammenseller (dem fra det ordentlige Ministerio og lovlig kaldede Tjenere udi Ordet her paa Stedet at unddrage og Menigheden dem uvillig at gjøre) mod kongl. Forordninger og hans egen Forpligt“. Tillige fik Mag. Niels, fortæller han, samme Dag Paalæg om at holde en Disputas de justificatione af Pauli Epistler i Gymnasiet, Noget, som han dog ikke efterkom, hvilket han mener bør ansees for en fordægtig overhørighed Den Disputas, som Mag. Niels holdt den 31te August, og som det efter hans
