Bygninger brændte 1708. Do nu samtidig det indbringende Lektorat blev ledigt, tilbød, som fortalt, Dr. Krog sig at udføre Lektors Embedsgjerning uden Godtgjørelse, for at Indtægterne kunde anvendes til Skolens Gjenopbyggelse. Dette Tilbud blev modtaget. Med Opfyldelse af Løftet gik det imidlertid saa til, at Biskopen „aldrig kom paa Lektorium,“ men derimod hævede Lektoratets og det dermed forbundne Notariats Indkomster i 8–9 Aar. Den Bygning han lod opføre for Skolen „lignede en Hestestald, uagtet især paa den Tid, da Materialier og Arbeidsfolk kostede utrolig lidet, 4 eller 5 Bygninger maatte kunne opsættes af benævnte tvende Embeders Indkomst.“ Det gjør paa dem, der veed dette, et underligt Indtryk at læse hos Gjessing, at hiin elendige Skolebygning var „Biskop Krogs Æresstøtte“ og at see Malling omtale det samme Byggeforetagende mellem „store og gode Handlinger.“ Og dog vare disse Underslæb ikke den værste Skade, som Krog tilføiede Throndhjems Kathedralskole; han skaffede ei alene Skolen et ubrugeligt Lokale, men ogsaa en samvittighedsløs og uduelig Rektor, idet han lod sin Søn Nils bestige Mag. Anders Borchs Katheder, hvor han blev taalt i hele 20 Aar (1709–29).
I 1716 bleve disse Misligheder om end ikke afhjulpne, saa dog idetmindste tildeels bragte for Dagens Lys. Thi i dette Aar var det, som fortalt, at Th. v. Westen blev Lektor og Notarius, saa at Biskopen maatte afstaa disse Embeder, og samtidig blev tillige Overopsynet med Skolen henlagt fra Biskopens Embede under Missionskollegiets Disposition, saasom Skolen herefter skulde tjene som Seminarium for Arbeidere paa den finske Missionsmark. Nils Krog vedblev som Rektor, men Lektor v. Westen blev som Missionskollegiets Vikarius den egentlige bestyrende og kontrollerende Leder af Skolen, i hvilken Egenskab han imidlertid trods sin gode Vilje neppe har udrettet hvad han vilde have formaaet, om Rektor Krog var bleven fjernet.
Da nu altsaa Biskopen skulde give Lektoratet fra sig, blev han meget forbitret, ja dristede sig endog til i lange Tider at negte Th. v. Westen Nøglerne til Lektoriet i Domkirken, saa at den duelige Konrektor Hans Skanke, som under Westens
