fuldhed foreløbig ikke vilde modtage mere end et Aars Constitution. Efter denne Prøvetid blev han saa udnævnt til Lector i latinsk Philologi 11te Juni 1834, hvorefter han 1840 efter sin Tour rykkede op til Professor og forblev i denne Stilling indtil han i August 1875 tog sin Afsked som svensk Æresdoctor og Commandeur af St. Olafs Ordenen.
Samtidig med at han var bleven Candidat og constitueret Universitetslærer havde han oplevet megen Sorg. Hans Fader døde i April 1832, i den følgende Maaned døde hans Broder Conrector Johan Aubert, i det følgende Aar hans Moder og endnu en af hans Brødre. Nogle Aar senere var det, at han 1837 indtraadte i et lykkeligt Ægteskab med Ida Dorothea Maribo, Datter af den bekjendte Capitain Ludvig Maribo, (født 30te Novbr. 1811), der overlever ham, og med hvem han, om han kun havde levet nogle faa Dage længere, vilde have kunnet feire sit Guldbryllup. Hans Børn, af hvilke han allerede 1865 kunde see den ældste Søn som sin Collega ved Universitetet, ville findes opregnede i „Danmarks Adels Aarbog.“
Aubert var ikke af dem, der vakte stor Opsigt i vide Kredse, og paa ydre Begivenheder var hans Liv ikke rigt. Det var udelt indviet hans Embedspligter ved Universitetet. Dette har neppe havt nogen Lærer, der med større Samvittighedsfuldhed har virket i sin Gjerning end Aubert. Mange og anstrengende vare de Pligter, som paalaa ham, vanskelige vare ogsaa de Forholde, under hvilke han havde at virke. Den classiske Philologi var i hele hans lange Embedstid et af de Fag, hvis Repræsentanter fandt mindst Anerkjendelse og Opmuntring, thi allerede ganske kort efter hans Tiltrædelse begyndte den Retning at gjøre sig gjeldende, som under Miskjendelse af Oldtidsstudiets Betydning for den