Professor-Titelen og blev dertil anbefalet af Økonomi- og Commerce-Kollegiet samt Stiftamtmand og Biskop. Den sidste udtaler sig om ham som en Mand med godt Hoved, sund Dømmekraft og særdeles gode Gaver til at fremsætte de christelige Religionslærdomme baade i Prædikener og Katekisationer, samt med en udvortes Vandel, som det sømmer sig en retskaffen Lærer.
Der var al Udsigt til, at dette vilde gaa glat, men uheldigvis kom der noget iveien. 18de Juni fik Stiftsdirektionen en anonym Anmeldelse om, at Pihl som Eier af Aarvold lod hugge i Nabogaarden Tonsens Skov. Tonsen var Stiftsprovsten beneficeret, og der blev anlagt Sag. Der opkom ved denne Tid en heftig Strid mellem Pihl og hans Sogneprest. Stiftsprovst Lumholtz, – maaske paa Grund af denne Sag. Medens den stod paa, blev Pihls Ansøgning liggende, og først da Sagen var paadømt og han frifunden (1806), indkom han med en ny. Før denne havde han imidlertid indsendt en anden Ansøgning om Aarhus Stiftsprovsti. Den er udateret, men et medfølgende Brev til Kronprindsen og Biskop Bechs Erklæring er af 1ste Septbr. 1806. Bech giver ham al Ros for hans Embedsførelse, men anfører den for nogle Aar siden opkomne Uoverensstemmelse med Lumholtz, der har havt skadelige Virkninger for Embedets Førelse, hvorfor han maa ønske disse Mænd adskilte. Pihl siger i sit Brev til Kronprindsen, at han „har havt den Lykke at arbeide directe under Hs. kgl. Høihed“, og fortæller ellers, at han ved egen Opofrelse har sparet Tønder Guld for Landet, hvorved han nærmest sigter til sit Arbeide med at faa Torv anvendt til Brændsel. Det drog ud med Besættelsen af Aarhus Stiftsprovsti, og Pihl kom da 31te Decbr. 1806 med sin fornyede Ansøgning om Professor-Titelen, som 20de Febr. 1807 blev ham tilstaaet, samme Dag som Stiftsprovstiet blev givet til den resid. Kapellan ved Kirken, N. K. Bechmann. Nogen Forvexling med Broderen er efter dette neppe mulig, end ikke i Cancelliet, da Broderen nævnes i et af de Sagen vedlagte Dokumenter (Th. Bugges ovennævnte Erklæring).
Sin Professor-Titel fik Pihl beholde, men det var ikke længe, han fik den forenet med sit Embede. 1809 maatte han søge Afsked, som det hed for svækket Helbred, men efter Biskop Bechs Erklæring, fordi han længe havde savnet
