Herfor slap han dog fri, men senere kom han i en farligere Uenighed med den myndige Prælat Trugels Nilsen, Kjeld Stubs Eftermand som Byens Sognepræst. Rektor havde holdt sig et Aar borte fra Altergang og blev derfor irettesat af Mag. Trugels, men svarede med at kalde hans prædikener «Kjødprækener og Groffenbradprækener». Saa kom han under Tiltale og dømtes fra Embedet, fordi han «havde foragtet det hellige Ministerium og Prædikeembede, som med en himmelsk Myndighed paa Jorden er indstiftet, samt forarget den hele Menighed og i Synderlighed den blomstrende Skoles Ungdom». Udbineus blev senere (som ikke faa Skolemænd, især dog i det attende Aarhundrede,) juridisk Embedsmand, idet han udnævntes til en af Kronens Fiskaler i Norge.
Christian den fjerde udvidede i 1636 Skolen ved Oprettelsen af et Gymnasium med tre Professorer. Skole og Gymnasium fik Lokale i Nærheden af den gamle Trefoldighedskirke, i hvis Omegn ogsaa Præstegaarden stod. Dette Gymnasium bestod dog kun omtrent 25 Aar. Krigen mod Sverige bevirkede dets Nedlæggelse;
