Mag. Niels’s Forretning i Christiania sees ogsaa i Overensstemmelse hermed at have bestaaet i at foredrage Theologien paa det i 1636 oprettede Gymnasium, og efter vedtagen Skik plejede Læsemesteren at forrette Tolvprædiken paa de høje Fester i Byens Domkirke og sandsynligvis ellers til ubestemte Tider; andre gejstlige Forretninger henhørte derimod ikke til hans Embede, da han ikke havde præstelig Vielse.
Om de Par første Aar af hans Ophold i Christiania findes ingen Efterretninger; det er dog rimeligt, at Forholdet mellem ham og Præsterne i Byen allerede da var spændt. Han selv fortæller i 1650, at i de 11 Aar, han har været i Christiania, er han „ikke lidet for Sandheds Skyld bleven efterstræbt, eftertalt, forhaanet og bespottet; thi for Sandheds Skyld, som jeg i November 1641 for to Kolleger og Medbrødre i stilhed og Enlighed har talt til grov Forargelse at afskaffe, er jeg 1642 3dje Søgne efter Pauli conversionis (25de Januar) for Christianias Consistorio stævnt til aabenbar Straffe- og Beskjæmmelsesdom at høre; for Sandheds Skyld ... er jeg samme Aar indskreven i Kapitlets Protokol som suspect og mistænkt, og derfor mig befalet og paalagt en offentlig Disputation eller Overhørelses- og Forsøgelsestale at holde, udi hvilken man haver 31te August 1642 blandt Andre ladet et Menneske, som da var en aabenbar Fantast og grov og bespottelig Gjæk offentlig tale, raabe og skrige imod min sandfærdige og skrevne Lærdom til Manges letfærdige Latter og Forhaanelse at opvække“. I Kapitelsprotokollen findes ogsaa under 28de Februar 1642 antegnet, at Hr. Niels Dyding, Kapellan i Christiania, indstevnede Mag. Niels Svendsen, fordi han for Øvrigheden havde angivet, „at han (N. Dyding) den 20de November var drukken udi Prædikestolen, der han læste Bøn til Aftensang, og at han (N. Svendsen) saa Drukkenskabs Tegn paa ham“. Hr. Niels Dyding fremlagde Erklæringer, som oplyste, hvor han havde været den
