Eftermand, og de fleste meente, at den gamle Biskop ikke egentlig havde anholdt om Entledigelse, men om at Dr. Hagerup skulde blive ham adjungeret i Embedet. Det er derfor ikke usandsynligt, at det har været Smiths ufordeelagtige Ytringer om Hagerup i Meddelelserne til Bülow, som havde hindret Stiftsprovsten i at naa den Værdighed, som hans Fader i sin Tid havde indehavt, og som Sønnen vistnok saa inderlig har ønsket at kunne naa.
Udnævnt til Biskop i Throndhjem blev imidlertid (Februar 1788) en dansk Mand, Dr. Joh. Krist. Schønheyder, hidtilværende Stiftsprovst i Kjøbenhavn og den sidste Udlænding paa Throndhjems Bispestol. Smith udbryder til sin Vellynder i høie Jubelraab over denne Befordring. „Sandelig det var ikke muligt at vælge en Mand, der efter alle Omstændigheder, som jeg kjender dem, var saa skikket til Biskop i Throndhjem. Den Bisp har Schack Rathlou Ære af, og jeg glæder mig at see Udødeligheden deroppe paa Fjeldene vinke ad min Staldbroder Schønheyder. Netop den ærlige, alvorlige, kraftfulde og lærde Schønheyder burde derop.“
Den nye Biskop var født i Kjøbenhavn 1742, Faderen, Lic. med. J. F. G. Schønheyder, var en af Stadens berømteste Læger. Sønnen, der allerede blev Student i en Alder af 14 Aar, blev tidlig Dekanus ved Kommunitetet og foretog i Aarene 1765–67 en Udenlandsreise for at studere i Leipzig og Gøttingen. Som tydsk Hosprædikant ledsagede han siden Kong Kristian den syvende paa hans Udenlandsreise i England, Nederlandene og Frankrige, blev derpaa Prest i Rendsborg, men kom siden igjen til Kjøbenhavn, hvor han først var Slotsprest, derpaa Sogneprest til Trinitatis og endelig Stiftsprovst.
Som Prest i Kjøbenhavn har han erhvervet sig en vis Plads i den danske Kirkes Historie En Tydsker, Etatsraad Hennings, ansat i et af Regjeringskollegierne, udgav i 1779 et tydskt Digt Olavides (Navnet paa en berømt Spanier, som under Arandas Ministerium havde viist sig som en ivrig Fremskridtsmand, men derfor led en haard Medfart), i hvilken Bog yderst rationalistiske og ukristelige Anskuelser vare komne
