Frederik I 5te August 1532 forlenede sin Hofsinde Peder Brockenhuus med Værne, „fordi Prioren ikke havde skikket sig tilbørligt og ærligt mod Kongen og Kronen, men var Kong Christiern tilgangen“, dog mod at underholde Brødrene[1]. Biskop Hans Reff klagede efter Opfordring af Prioren i Andvordskov herover til Rigsraadet 2den August 1533, ligesom over de øvrige Indgreb i geistlige Sager, og oplyste, at Værne stedse havde været uafhængigt af Kronen, og staaet under Biskoppen i Oslo og Ordenens Prior i Andvordskov, „indtil ifjor“, da velb. Svend P. Brockenhuus fik Kong Frederiks Brev, hvortil denne ingen Ret havde. Prioren og hans Munke opholde sig nu i Stiftet, og der er kun een Munk tilbage i Klostret, som tjener Fogden som Skriver. At denne Klage ikke hjalp, er allerede oftere oplyst, og Værne blev i længere Tid i Brockenhusernes Besiddelse. Eiler Brockenhuus fik Værne i Forlening 1537, og 1540 Tilladelse at indløse og som brugeligt Pant beholde det fra Hospitalet pantsatte Gods. Ved hans Død 1542 fik Enken Kristine Eriksdatter Gyldenhorn det uden Afgift; senere Peder Stygge fra 1549, Peder Rosenkrands (155*–1561), Eggert Claussøn Ulfeld (1561–1572), Nils Parsberg (1572–1580), Jørgen Ernst Worm (1580–1586), Erik Lykke (1586–1587)[2], Henrik Brockenhuus (1587–1588), Erik Venstermand (1588–1594), Karl Bryske (1594–1595), Henning Valkendorf (1595–1597), Corfits Hardenberg (1597–1601), Peder Madssøn Laxmand (1601–1613), Christoffer von Graven (1613–1618?) og endelig 1618 Sigvard Gabrielsen Acheleje paa sin og Hustrus Else Galdes Livstid som Vederlag for afstaaet Gods. Efter disses Død blev Værne Klosters Len indtaget under Smaalenenes Amt.
Af Klosterbygningerne ere alene nogle Kjældere tilovers i den saakaldte Munkehave tæt ved den nuværende Hovedbygning. Jordebogen fra Klostertiden er, saavidt vides, tabt, men det ovenfor Oplyste afgiver Vidnesbyrd om, at dette Hospital maa have eiet et meget betydeligt Jordegods, især i Borgesyssel og Nordviken.
