Kraft, og da særlig Kirkens Lærerstand. Han fandt sig ganske utilfreds med den Maade, hvorpaa præsteskabet i Christiania udførte sin Gjerning. Livet svarede ikke til Læren, og præsterne undlode at straffe Synden med tilbørlig Strenghed. De Formaninger, han rettede mod dem, vare de imidlertid lidet villige til at høre paa, og han kom derfor snart i et meget spændt Forhold til Byens Præster og til sine Kolleger i Domkapitlet. Navnlig var det den ovenfor nævnte Sognepræst Mag. Trugels Nilsen, der følte sig fornærmet, naar Nils Svendsen den ene Gang efter den anden i sine Prædikener angreb («de slette og hykkelske Lærere, som for Brødets Skyld forrettede ordets Tjeneste uden Aandens Lys og Kald» medens han selv stadig fremstillede sig som den, gjennem hvem den Helligaand talte til Menigheden. Striden udbrød allerede 1641 og varede siden uafbrudt i hele ti Aar. Biskoppen, Oluf Boesen, forbød 1642 Mag. Nils Prædikestolen, indtil Lov og Dom havde skilt hans Trætte med Trugels Nilsen, hvortil Nils, som den Art Mennesker altid pleie at gjøre, svarede, at han prædikede, hvad Aanden indgav ham, og ikke agtede Menneskers Forbud. Sandsynligvis vilde det allerede nu være gaaet ham ilde, hvis ikke just i samme Aar Hannibal Sehested var bleven Statholder. Besynderlig nok blev nemlig denne mægtige Mand hans Beskytter og fik 1643 et Forlig istand, hvorved den hele Strid erklæredes at bero paa Misforstaaelse, og Nils fik atter Lov til at prædike; hans kristelige Venner skulde frit kunne besøge ham, men «private Konventikler og Exercitia maatte han ikke holde paa Kamrene eller i andre Maader». Hverken M. Trugels eller M. Nils skulde give nogen ny Aarsag til Strid og navnlig ikke udgive Skrifter mod hinanden, men ikke destomindre udgav den sidstnævnte kort efter netop den Prædiken, som havde bidraget mest til Striden, og dedicerede den til Statholderen. Striden holdtes saaledes gaaende Aar efter Aar, om end mere i det skjulte og med noget større Forsigtighed. Det var ikke vanskeligt at forstaa, at begge Parter sigtede til hinanden i sine Prædikenen og dertil kom, at man med Føie ansaa M. Trugels at være Udgiver af et anonymt Skrift «om de vederstyggelige og gudsbespottelige Enthusiaster og Kjættere Knipperdolling og Jan van Leyden og deres Anhængere», i hvilket der ligefrem hentydedes til, at saadanne Mennesker fandtes i Menigheden, og denne opfordredes til at vogte sig for dem. Biskop Henning Stockfleth, som i 1646 havde efterfulgt Oluf Boesen, var ganske vist en Modstander af Nils Svendsen, men holdt sig dog saavidt muligt udenfor Striden, indtil Hannibal
