Ved sin Hjemkomst i 1496 blev Columbus fremdeles naadigt modtaget af Konge og Dronning, og han forstod at retfærdiggjøre sig, saa at der ikke blev nogen Undersøgelse af. Men Begeistringen og Interessen for den store Opdager var dog allerede borte, da det viste sig, at ikke Guldet strax væltede sig ind over Spanien; det var ikke langt fra, at man begyndte at betragte den hele pengeslukende Opdagelse som Humbug og ham selv som en Svindler, der havde forstaaet at øde Statens Indtægter uden at bringe den nogen Fordel. Omstændighederne, især Krigen med Frankrige, gjorde Regjeringen utilbøielig til at anvende nye Udgifter paa Indien. Columbus maatte næsten i to Aar ligge uvirksom i Spanien, uden at faa Lov til at vende hjem til sit Vicekongerige, og paa hans Protest mod, at andre optraadte som hans Konkurrenter, nøiede Regjeringen sig med at indskjærpe hans Privilegier; men dette skede først efter Pinzons Afreise (S. 90). Ikke før end i Mai 1498 kunde Regjeringen skaffe Penge og Udrustning til Columbus, som nu for 3dje Gang skulde forsøge at finde den virkelige Gjennemgang til Indien.
Til sin 3dje Oceanreise havde Columbus, besluttet at vælge en sydligere Kurs, dels fordi de Indfødte paa Haiti og Cuba havde henvist til det sydligere Guldland, og han ventede at naa dette i det sydøstlige Asien — ad den Vei, dels fordi en erfaren Juveler,