Gang i Amerika — en Beregning af den geografiske Længde, idet han sammenlignede Formørkelsens Indtræden her og efter de beregnede Maanetabeller; han fik en Tidsforskjel af 5 Timer og 3 Minuter og beregnede derefter Afstanden fra Cadix til 80¾ Grad, medens den i Virkeligheden er 62° 18′, — en Feil af næsten 18½ Grad, hvilket ikke er for meget, naar Hensyn tages til de ufuldkomne Tidsmaalere og Instrumenter. Faa Dage efter blev Columbus syg af Overanstrengelse, og blev halvdød ført hjem til »Isabella«, hvor han efter mange Dages Feber kom til sig selv og fandt ved sin Side sin Broder Bartolomeo, som han ikke havde seet i 6 Aar; denne var først Høsten 1493 efter Columbus’s Afreise naaet til Spanien, havde faaet en naadig Modtagelse ved Hoffet og var fulgt med tre Skibe, som Regjeringen i 1494 havde sendt med Levnetsmidler til Haiti, medens Columbus var ude paa sin Seilads langs Cuba; han bragte opmuntrende Breve med fra Konge og Dronning. Det var en Lettelse for Columbus; thi han kunde nu gjøre sin kraftige og energiske Broder til sin første Medhjælper og Stedfortræder, — hvilket forøvrigt krænkede de spanske Hidalgo’er, da han ligesom Admiralen selv jo var en Fremmed. Ulykkerne begyndte nu allerede at forfølge Columbus; der var Opstande blandt de Indfødte, og snart kom hertil Oprør blandt Spanierne; alle, som kunde, søgte at komme hjem til Spanien, og de, som blev tilbage, sendte misfornøiede Skrivelser hjem. Magthaverne hjemme var forlængst trætte af de store Omkostninger, som den nye Koloni krævede; Understøttelserne blev karrigere, og Regjeringen tænkte allerede paa at stanse Forsendelserne, og trods sin Kontrakt med Columbus havde den tilladt hver, der vilde forsøge sig, at gjøre Opdagelsesforsøg i de nye Farvand. Den sendte i 1495 en Kommissær til Haiti for at undersøge Forholdene, navnlig Klagerne over Admiralen. Columbus skjønte, at han for at opretholde sin Anseelse maatte vende tilbage til Spanien; han efterlod i Isabella sin Broder Bartolomeo som Øverstkommanderende, tog alle overflødige Spaniere med og seilede saa fra Haiti 10de Marts 1496; men Nordostpassaten var denne Gang imod ham, og først 11te Juni 1496 kom han tilbage til Cadix, med en udmattet og halv hungrende Besætning.
Columbus’s Dagbog paa denne anden Reise er tabt med Undtagelse af et lidet Citat, som hans Søn har bevaret. Det optages her, fordi det viser hans vedblivende Tro paa den mærkelige Delingslinje mellem den østlige og vestlige Halvkugle: »Idag